Le notizie sulle origini degli Ababda sono molto scarse. Tutte le fonti occidentali sono d’accordo nel ritenere che gli Ababda siano il gruppo principale tra i discendenti dei Beja, un’antica popolazione Cushitic. I Beja si erano insediati da tempi immemorabili nel deserto nubiano che si estende tra Egitto, Sudan e Etiopia e vengono già nominati nell’antico Egitto. Ciò viene confermato dalle descrizioni in documenti che risalgono all’Egitto predinastico.
Secondo altre fonti locali e regionali gli Ababda provengono dalla penisola araba. Il cugino del profeta Maometto, El-Zobeir Ibn El-Awwam, sarebbe il loro antenato che si è trasferito nel Deserto Orientale e insediato poi tra la valle del Nilo e il Mar Rosso a sud di Quseir, dove ancor oggi vivono gli Ababda.
Ciò distingue gli Ababda dai Bishari, il sottogruppo più numeroso dei Beja che vivono nel deserto nubiano nel sud dell’Egitto. Questa distinzione è sia etnica che culturale. Gli Ababda sono più arabi semiti che Cushitic, parlano l’arabo, pur avendo mantenuto alcuni elementi della lingua e della cultura Beja e sono musulmani sunniti, al contrario dei Bishari, i loro vicini meridionali, che sono chiaramente Cushitic, parlano sia il Beja che l’arabo e sono musulmani sufi. La cultura degli Ababda, un popolo di pastori nomadi, è stata influenzata dall’ambiente naturale del Deserto Orientale e del Wadi El Gemal. Dalla notte dei tempi hanno allevato cammelli e bestiame, portandoli al pascolo lungo le valli più fertili, e praticando anche la pesca nel mare.
La desertificazione della regione abitata dagli Ababda ebbe iniziò circa 5000 anni fa. Prima questa zona era attraversata da fiumi e ricoperta da foreste abitate da animali come gli elefanti, i rinoceronti e le giraffe. Evidenze archeologiche dimostrano la continuità dello stile di vita di quegli abitanti che dal neolitico si insediarono qui fino alla colonizzazione araba. In tempi lontani gli Ababda ebbero contatti e collaborarono con gli antichi Egizi, i Greci ed i Romani, che avevano raggiunto le loro terre ricche di miniere. Già intorno al 1300 a.C. gli Egiziani sfruttavano le miniere del Deserto Orientale estraendo metalli e pietre preziose come l’oro e gli smeraldi.
Nel 275 a.C. Tolomeo II fondò la città porto di Berenice per importare elefanti dall’Africa, da usare in guerra. La città divenne un centro commerciale molto fiorente in epoca romana. In quel periodo vennero costruite diverse strade importanti che collegavano Berenice a molte città sparse nella valle del Nilo per arrivare fino ad Antinopoli (oggi Ashmun), fondata da Adriano nel 130 d.C. Gli Ababda non furono mai sottomessi o assimilati dalla civiltà della valle del Nilo o da altre popolazioni che vivevano nel deserto, ma collaborarono sempre come minatori, guardie, trasportatori e guide delle carovane. A ricordo di queste attività sono giunte fino ai giorni nostri diverse testimonianze e tra questo le più famose sono quelle legate ai templi di Sikait, agli insediamenti dei lavoratori delle miniere di smeraldi e tratti delle strade romane.
Nel XV sec. furono inglobati nell’Islam attraverso matrimoni e relazioni commerciali con le tribù arabe musulmane che occuparono queste zone. In quel periodo, gli Ababda fungevano da guide molto apprezzate accompagnando i gruppi di pellegrini attraverso il deserto per raggiungere il porto di Aidhab sul Mar Rosso, oggi Halayeb, dal quale partivano alla volta di Jedda sulla via per la Mecca.